小作坊在哪个部门办理

小作坊应当在 区､县级市场监管部门进行审批发证。具体流程包括向所在地县级人民政府市场监督管理部门提交申请，并提供相关材料，如申请书、食品生产设备布局图和食品生产工艺流程图、食品生产主要设备设施清单等。此外，根据最新的办理方式，申请人可以通过线上或线下的方式进行申请，线上办理可以通过市场监督管理局官方网站或综合政务服务平台进行，线下办理则可以直接到市场监管所提交纸质材料。